(一)综合部。承担中心日常工作综合协调和相关管理服务;承担文电、会务、机要、保密、信息、档案、信访、值班、宣传等工作;承担办公用房、办公用品、车辆等管理工作;承担医疗废物转运处置工作;承担中心消防及安全保卫工作。

(二)财务部。负责单位年度财务预算、决算的编报;负责年度项目资金预算安排计划的编制、执行和评估;负责会计核算和会计档案管理;负责对重大开支、专项资金等全程跟踪与考评;负责资金使用情况及相关制度落实情况的反馈;负责固定资产统计。

(三)组织人事部(挂健康管理指导部牌子)。承担中心党的建设、意识形态、宣传思想、统一战线、纪检监察、精神文明创建工作;承担中心机构编制、人事管理工作，承担干部选拔任用、奖惩、考核、档案、工资福利、社会保险工作;承担离退休干部管理服务工作;承担业务绩效考核评估与管理工作;承担健康教育、健康科普与健康促进工作。

(四)网络信息部。承担应用信息系统的设计和运行维护工作;承担网络信息技术服务、健康大数据技术支持等协调管理工作。做好疾控信息集成平台及各子系统的维护、改造和升级工作;负责计算机软硬件及网络的维护、管理及各类软件的开发、利用;负责中心所有网站的维护监控。

(五)设备与物资管理部。承担专业仪器设备等固定资产管理工作;承担实验室耗材等物资管理工作;承担疫苗储运管理和冷链设备设施使用管理工作。

(六)质量控制部。制定中心实验室管理制度并组织实施;承担中心检测检验相关资质管理工作;开展内部质量控制和规范管理工作。

(七)应急保障部。承担传染病和突发公共卫生事件监测、预警、处置，定期开展风险评估和大数据分析应用;制定编制应急专项预案，组织开展应急培训和演练;做好应急设备和物资储备工作。

(八)法制稽查部。制定全区公共卫生监督执法规划、年度及阶段性工作计划并组织实施;承担投诉举报案件办理，纠正执法工作中的不当行为;制定执法人员培训规划、计划并组织实施。

(九)医疗机构与公共卫生监督部。承担全区医疗机构、采供血机构、公共场所、生活饮用水、涉水产品(生产企业)、学校公共卫生等公共卫生监督执法工作;参与整顿和规范医疗服务市场秩序，打击非法行医和非法采供血行为;承担重大活动公共卫生监督保障工作。

    (十)传染病与职业卫生监督部。承担全区传染病防治、消毒产品、职业卫生、放射卫生等公共卫生监督执法工作;承担医疗废弃物处置、病原微生物实验室生物安全监督检查工作;参与起草职业卫生、放射卫生监督规范性文件和技术规范。